Zgodność polskiego zakazu stosowania pasz GMO z prawem Unii Europejskiej stanowi przedmiot debaty i kontrowersji. W UE obowiązują regulacje, takie jak rozporządzenia 1829/2003 i 1830/2003, które regulują obrót paszami zawierającymi organizmy genetycznie zmodyfikowane. Zgodnie z tymi regulacjami, wszystkie produkty wpisane do rejestru żywności i pasz GM są dopuszczone do obrotu i użytku na całym jej terytorium. Polski zakaz wprowadzenia pasz GMO stoi w sprzeczności z zasadą "swobodnego przepływu dóbr", ponieważ uniemożliwia obrót produktami zatwierdzonymi w innych krajach UE bez podania naukowych dowodów na ich szkodliwość​​.

W przeszłości inne kraje europejskie także próbowały ograniczyć stosowanie GMO. Na przykład, próba utworzenia "stref wolnych od GMO" w Górnej Austrii została zablokowana przez Trybunał Europejski w 2005 roku. Podobnie, sprawa polska zakazu pasz GMO wywołała reakcję Komisji Europejskiej, co doprowadziło do skargi do Trybunału Sprawiedliwości. Choć skarga została ostatecznie oddalona z powodu braku obowiązywania zakazu w tamtym czasie, pozostaje pytanie, jak dalej rozwinie się sytuacja, zważywszy na unikalną pozycję Polski jako jedynego kraju UE dążącego do zakazu stosowania pasz GMO​​.

Rola białka zwierzęcego w produkcji pasz jest tematem intensywnych badań i debat. Obecnie w Unii Europejskiej trwają prace nad metodami określania pochodzenia białka zwierzęcego, co ma na celu przywrócenie możliwości stosowania skarmiania krzyżowego. Taka praktyka, polegająca na karmieniu drobiu mączką kostno-mięsną pochodzącą ze świń i odwrotnie, mogłaby znacząco zmniejszyć zależność od pasz GMO, takich jak soja. Jednak zgodnie z obowiązującymi przepisami, taka praktyka jest obecnie niedozwolona, a jej potencjalne wprowadzenie będzie zależało od wyników badań i decyzji regulacyjnych​​.

Białko zwierzęce jako składnik pasz ma potencjał do znacznego zmniejszenia zależności od importowanej soi GM, co jest istotne w kontekście dążenia do bardziej zrównoważonych i lokalnych źródeł żywności. Skarmianie krzyżowe, jeśli zostanie dopuszczone, może również przyczynić się do bardziej efektywnego wykorzystania zasobów oraz do zmniejszenia śladu węglowego związanego z produkcją pasz. Niemniej jednak, wprowadzenie takich praktyk wymaga dokładnej analizy pod kątem bezpieczeństwa żywnościowego oraz skutków dla zdrowia zwierząt hodowlanych​​.

Wprowadzenie zakazu stosowania pasz GMO w Polsce niesie za sobą znaczące konsekwencje dla hodowli zwierząt. Pierwsze oceny tego projektu wskazywały na potencjalny wzrost cen mięsa, drobiu i jajek, co miałoby bezpośredni wpływ na konsumentów i całą branżę hodowlaną. Szacowano, że drób mógłby zdrożeć nawet o 40-50%, mięso wieprzowe o 15-20%, a jajka o 30-40%. Taki wzrost cen mógłby spowodować upadek wielu firm związanych z produkcją pasz i hodowlą, co z kolei przyczyniłoby się do wzrostu bezrobocia w tych sektorach​​.

Dodatkowo, zakaz pasz GMO mógłby prowadzić do zwiększonego importu produktów zwierzęcych z zagranicy, które z dużym prawdopodobieństwem byłyby karmione paszami GMO. Ironią losu jest to, że próba eliminacji GMO z hodowli krajowej mogłaby skutkować większym udziałem produktów karmionych GMO na rynku polskim. Takie zmiany mogłyby mieć poważne konsekwencje dla polskiego sektora hodowlanego, zarówno pod kątem ekonomicznym, jak i reputacyjnym​​.